底砂过滤法（Undergravel filtration）是以生物过滤（Biological filtration）方式为基础。虽然现在有其他较新式的过滤系统出现，如滴流过滤器（Trickle filter）及圆筒过滤器（Canister filter），但它仍然是最受欢迎及最多人使用的一个过滤系统。
安装步骤
1、首先预备好与鱼缸呎寸大小差不多的底部隔砂板或底喉（底喉表面可用幼身的锯锯出缺口只让海水进入）。
2、先在鱼缸内装上底部的隔砂板或底喉，再连接上一枝直喉，直喉顶部接驳潜水泵（Powerhead）。
3、然后便可加入珊瑚砂作为生物过滤床，砂床厚度约为 7cm 至 8cm。可完全使用不大于 3mm 的珊瑚砂，或使用粗粒珊瑚砂作下半层及不大于 3mm 的珊瑚砂作上半层的型式，在中间加上隔砂网作为分隔。
4、加入海水后便要在砂床内培养硝化细菌，待硝化细菌成功培养后，砂床便是一个生物过滤床了。
过滤方式
1、下向流动方式
在下向流动方式中，鱼缸中的海水被强迫性地抽进砂床内，海水经由砂床下的隔砂板或底喉被潜水泵（Powerhead）抽回到鱼缸中。由于砂床内已培养了有用的硝化细菌，海水中有害的物质便会被分解掉。
2、逆流方式
在逆流方式中，要另外加上圆筒过滤器（Canister filter），首先圆筒过滤器把鱼缸中的海水强迫性地抽进作为预先过滤，然后海水经圆筒过滤器泵回砂床下的隔砂板或底喉中，海水再经由砂床回到鱼缸中。由于砂床内已培养了有用的硝化细菌，海水中有害的物质便会被分解掉。使用此方式时，圆筒过滤器内只须使用机械式过滤（Mechanical filtration）便可以了，而潜水泵（Powerhead）的作用只是在鱼缸中制做水流。
优点与缺点
优点：运作原理简单及容易明白、操作容易、操作宁静。
缺点：固体排泄物被强行抽进砂床内，由于这类固体排泄物须要一段很长的时间才能被分解掉，或不能被分解。而且在一般的情况下是不会清洗砂床的，这些排泄物将会不段地被吸进砂床内而累积起来，日子越久，积聚的废物便越多，长此下去会为鱼缸内的生物带来潜在的危险。
[小提示]
由于在底砂过滤法中，带氧的海水被强迫性地抽进砂床内，所以寄居于砂床内的只有好氧菌，不能提供缺氧的环境让厌氧菌把硝酸盐 Nitrate（NO3—）分解为氮气 Nitrogen gas（N2）及氧气（O2）。