对于海水水族需要结合三种基本的过滤办法结合起来使得海水水族箱能够初步运作，现在就这些做一个原理的介绍。
1、底部过滤器
底部过滤器是一种很古老的水族水质过滤设备，其原理就是通过底部的沙子过滤材料来进行水处理的过程，大气压和水泵让带有丰富氧气的水流经过缸底的沙层，通过硝化细菌分解NH4& NH3、NO2等有毒物质。
优点
构造简单，硝化细菌成熟期快，在缸建立的初期效果很好，好氧细菌分解系统成熟期很快，一般20天左右就到稳定时期。
缺点
水流经过沙层，不仅带来丰富的含氧量高的水体，但同时也会附带鱼缸中的杂质，比方生物的排泄物，天长日久导致沙层的堵塞，沙层也变得很脏，一些有毒物质如:NH4，H2S等聚集，对缸中生物反而造成损伤，鱼也经常会得病。这样一来底部过滤失去其功效，因此在建立此过滤系统6个月后一般来说最好清理缸底沙层，以保证功效的正常。
建立底部过滤系统关键点:要让水流比较均匀的从沙层滤出，但一般来说水流的速度是根据阻力大小来判断的，我们无法用一些办法来实施水流均匀通过沙层的检测，因此比较简单的办法是用一根PVC管子，在上部分点裁出水入口，放在沙层下方，连接潜水泵，这样就可以做到比较实用的效果！
2、桶型过滤器
这类过滤器也是很早用于水族的饲养，其原理是通过外挂过滤设备——桶型过滤器中的马达来带动水流经过圆桶，桶中有一些过滤材料，最上一层是过滤面，以用来阻挡缸中的污物，中间一层是活性碳，下面一层是生物过滤用的生物球或者是陶瓷环，当水体通过水泵带动后，流经这些过滤层，出来的水使得缸中生物适合生存。
优点
美观大方，成套器材，效率也比较高，尤其是便于清洗和维护。
缺点
因桶型过滤器有着一定的尺寸，很难来把握一定大小缸的生物过滤实际需求，尤其是好氧细菌在生物滤材附着的能力，水体氧气的供给上存在着一定的不足，当然目前也有“呼吸式圆桶”，可以解决好氧细菌生存稳定的问题，但价格较高。
3、滴流过滤
滴流过滤也是很早出现的过滤系统，到了20世界70年代被广为使用，尤其是在海水水族箱中，此类过滤的效果最为惊人，主要是因为其过滤系统中水体含有丰富的氧气，好氧细菌能够得以良好的附着和生存发展，使得缸中生物分解出的有毒物质NH4、NH3、NO2能够快速降低到符合海水水族箱生物居住的要求。
其原理是利用亚硝化单胞菌（nitrosonomas）可将氨（NH3）转化成亚硝酸盐以及硝化细菌（nitrobacter）可将亚硝酸盐转化成硝酸盐来分解缸中的废物。[最近的研究指出可能不是这些细菌做分解的工作，但最终的结果一样]，这些细菌都是需氧型（aerobic），可以消耗很多的氧气，在滴流过程中水是以“片状、颗粒状的形式”以水位落差的方法流经生物过滤区；在底部有一个气泵供给大量的氧气，气体在上生过程中和需过滤的水体有效结合，供给细菌分解所需要的氧量。因此硝化细菌能够很好的在滤材上生存，形成生物细菌膜。一旦死亡后，经水流的冲刷，新生的硝化细菌能在原位再次成长，因此稳定性很强。
优点
生物细菌硝化作用最为强大；一般48小时内水体无循环，生物滤材上附着的细菌仍然生存（在底层水中气泵带动潮湿的空气上升，供给细菌生存所需要的氧）。
缺点
滴流过程主要是给好氧细菌生存用，分解水中的废物，但问题是转变的产物是硝酸盐（NO3），会大量的积累在水族箱中，达到一定比例时候（20—40PPM/L以上）会对无脊椎生物带来很大的危害，需要换水或者添加其他设备来进行NO3转换为无毒害的氮气（N2），使得水体适合生物居住。