过滤的方法有很多种，家中饲养海水鱼最重要的是生物过滤。利用硝化细菌把水中的硝酸盐消化，再由帮浦打出的气泡把水中的有害气体排出，增加水中的溶氧量。
古老的方法
以往繁殖生物过滤需要时间约五致八星期陪养硝化细菌，方法是在新开的水槽内先饲养一些可生活在高硝酸盐的鱼（如调和小丑鱼等）。
起初硝酸盐会不断的增加，这时硝化细菌也会开始繁殖。你可买一些测试硝酸盐的测试液看到，在最初的二至三个星期中硝酸盐会不断的增加（从黄色到红色），跟着会停滞约一星期左右，这时硝化细菌也在大量繁殖，和开始生较。跟着的一星期硝酸盐会消失得很快（从红色到黄色）。当测试液的结果是黄色，这代表整个硝化细菌的繁殖完成。
这时要不断测试硝酸盐有没有变化，如两星期内都没有变化便可以了。我们可加入一些海水素，补充一些原素，便可开始加入新鱼。
现代的方法
现在可买到一些现成的硝化细菌，把它放入水槽中便可养鱼。但就安全上考虑，最好先饲养一些如调和小丑鱼等。再测试水中的硝酸盐（方法同上），待稳定后才放入其他鱼。
平时的管问题
其实如没有大问题，只需在换水时，用给管把砂翻一翻，给走砂中一些较大的污物便可。千万不要用清水和用力清洗滤材，这样会把硝化细菌一并洗掉。如真的要清洗，可用不要的海水充洗一下便可。如定期加入一些硝化细菌也有助它的繁殖。
生物过滤的滤材的选择
珊瑚砂时最好的选择，特别在安装底部过滤器时，美观又实际。如在上部过滤器中可用珊瑚砂或新式的如生物球等。
海砂也可用作滤材，但如和珊瑚砂比较，珊瑚砂此终较皆，因为它对水质稳定有一定的好处（可看水质一章）。
底部过滤器的安装
底部过滤在家中饲养海水鱼是很重要的，它附起整个生物过滤的大部份工作。
它的原理是把水从一或两边的底部向上抽，这时水便会向下沉经过滤材（如珊瑚砂），这时硝化细菌便会把水中的硝酸盐分解。从这里我们可以看到如果水的流动太快，硝化细菌便不能有较的分解水中的硝酸盐。反过来如水的流量不足，又不能获得理想的较果。所以抽水马达的水量不是大的好，要看槽的大小配合。
底部过滤可买现成的，通常在表面包上一块沙布，以免砂石流入。但现今在香港大都用水管做一个架，放在槽的底部，在过滤的一角竖立一枝水管，再连接水中马达，水便由这里抽出。水管面对槽底（向下）的表面割成很多细小的裂纹，使水能从这里流入。在底部过滤上布满珊瑚砂约三至四寸。水便能循环不断的经过珊瑚砂，做成一个生物过滤系统。
上部过滤器
有些上部过滤器的设计，可把水短暂停留在滤床。如果你想在上部过滤器放珊瑚砂作生物过滤的话，便要选择此种设计了。我们也可在儢材上放些过滤棉，过滤一些较大的污物。
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