每一个海水水族箱的成功运作，其内在的生态循环一定是健全的。外表看来水族箱就是一个透明材料的鱼缸，但一些设备在其中其到了非常关键的作用，这些设备中的材质上附着了很多肉眼看不到的细菌和其他一些微小生物体，是它们把一缸“死”的海水变成相对时间内的活化水源，生物赖以生存。自然界中“海洋生物链”如此的复杂，但在我们的一个小小鱼缸中如何建立相对缸子的生物链系统，是海水水族箱成功的关键！
海水生物赖以生存的环境是海水，海水的组成成分复杂，在此不多讨论其中组成的元素，但海水中的“三氮循环”是水体质量之中心。生物体是主要由蛋白质构成，海水生物所排泄的废物和死亡的个体，在海水中腐烂后转变为氨态氮（NH3& NH4），溶解在海水中，这是对生物有着致命的危险物质；通过好氧细菌的分解，转变为亚硝酸盐（NO2），这也是对海洋生物有着很高毒性的物质；经过硝化细菌分解后，变为硝酸盐（NO3），NO3会残留在水族箱中，在我们的缸子中有一部分的厌氧细菌来分解NO3，但因为数量不多，日久天长造成NO3积累过多，也会对生物体有一定的毒性。这个时候通过换水办法来解决这个问题，维持水族箱生态环境需求。
细菌在海水水族箱中帮了大忙，但仅仅依靠细菌还不能完全建立适合缸子的生态系统，要有一些微生物来参与死亡生物和残留食物的分解工作，这些微生物来自与大洋海底中的石头和沙层及包括海底泥土，他们积极参与残留食物的分解和消化，帮助水族箱水质在尽长的时间内维持在一定的良好状态。
在最上层的就是我们所要饲养的美丽珊瑚礁生物，包括珊瑚、软体、贝壳、虾类、鱼只、藻类等等，他们在一定范围内相互融合，组成绚丽的海水礁岩缸，折射出神秘海底世界的一角。
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