野生的普氏野马生活在开阔的戈壁荒漠或沙漠地带，三五只或十余只成群游荡，群体之间在进食之后常互相清理皮肤，一般呈相反方向站立，然后将头伸到同伴的侧身，轻轻地啃拭对方的耆甲、肩部、背侧、臀部等。有趣的是，双方啃拭的都是同一个部位，当一方改变部位时，另一方立即相应地改变，配合十分默契而完善。有时也进行自身的护理，包括打滚、自我刷拭和驱散蚊蝇等，特别是在沙地上。休息和睡眠有站立、腹卧和侧卧等3种姿势，但警惕性很高，稍有动静便处于应激状态。感觉灵敏，警惕性高，奔跑能力强，昼夜活动，但以夜晚为多，以荒漠上的棱棱草、芦苇、红柳等为食，饮水量也很大。叫声的种类也很多，争斗开始时发出声调尖而单一的吼叫；失群时发出声音洪亮而高亢的呼唤信号；感到某种满足时，就发出轻微的喉音；当反感时则发出尖而细的声音。更多的情况是打响鼻，表达的情感也十分复杂，大多为恐吓对方，也有时是由于鼻腔内有异物、蚊蝇干扰、异味刺激或感冒患病等因素引起的。
普氏野马一年四季均可发情，但以春夏季为主。雌兽的发情周期为28—22天，持续时间为5—7天。发情时表现为精神兴奋，食欲减退，烦躁不安，起卧不定，互相嗅闻等。为了争夺领群的地位，雄兽之间则昂首静立，两眼凝视，耳朵朝向前方，而后嘶叫、前蹄刨地、打响鼻、低头小跑，鼻孔喷出粗气，接近以后就互嗅抿耳，怒目而视，举弹前蹄，发出尖锐而短促的吼叫，继而竖起前身扭打在一起，其争斗的残酷性和凶悍程度比家马要强烈得多。雌兽之间也有一定的攻击行为，主要是地位较高的经常表现出护食和阻止其他雌兽与雄兽交配。交配前雄兽和雌兽互相嗅闻会阴部和生殖器，然后雌兽将臀部朝向雄兽，雄兽则轻咬雌兽的颈部或膝部，促使雌兽前进，然后进行爬跨，经过3—7次骨盆冲动完成射精。健壮的雄兽可以在30分钟之内与2匹雌兽连续交配8次之多。雌兽的怀孕期大约为307—348天，翌年5—6月产仔。幼仔刚出生时为浅土黄色，2小时后即可吃奶。3岁左右性成熟，寿命为30岁左右。
由于普氏野马生活于极其艰苦的荒漠戈壁，缺乏食物，水源不足，还有低温和暴风雪的侵袭。而人类的捕杀和对其栖息地的破坏，更加速了它消亡的进程。在近一个世纪的时间里，野马的分布区急剧缩小，数量锐减，在自然界濒临灭绝。蒙古西部在1947年曾经捕捉到过1只，当时送到乌克兰动物园饲养，此后就再也没有发现过普氏野马，而我国于1957年曾在甘肃肃北县的野马泉和明水之间捕到过一只，1969年在新疆尚有人在准噶尔盆地看到过有8匹野马组成的小群，1971年，当地的猎人看到过单匹的野马，80年代初，还有人在东准噶尔盆地乌伦古河和克拉美山之间的地域发现了野马的踪迹，但没有确凿的证据。后来，新疆也时常传来发现野马的消息，不过经证实，所看到的都是野驴。我国对野马的存亡十分关注，1974年、1981年和1982年，由中国科学院、新疆大学等单位先后组织考察队，深入到准噶尔荒漠、乌伦古河、克拉麦里山、北塔山等野马产地考察，并结合航空调查，力求找到野马，结果令人失望。现在大多数人认为，如果自然界还有残存的野马，其数量也少到不能形成种群，因而不足以保证一个物种的生存，所以野生的普氏野马很可能已经在自然界消失。
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