饲育水缸如管理不当，会产生蓝藻和淡水性水螅（Hydra），也会出现混在生饵内的水蛭和扁虫等害虫。通常健全的水缸不会产生蓝藻，也不能让蓝藻繁殖。但是如果突然发生的话，会以异常速度增殖，放出恶臭的青绿色覆膜，会窒息所有植物。
若产生藻类，就要清扫玻璃面和器材，积聚在底部的也要全部吸走。然后，控松底土，放入食藻性的鱼。早期发现可以防止。如果清队不顺利，再度产生蓝藻的话，就要把缸腾空，做扫除，从头开始整理。
淡水性水螅，是和水母同类的腔肠动物，附着于石头和水草。它们吃耗鱼饵，攻击3～5cm的稚鱼。综们针混在食料中如水蛇和小蝗蚓等进入水缸。 驱除法为：把鱼和水草移到其他的水缸，把水温增高至500c以上，用蓝水消毒，最佳的预防手段是仔细检查生饵。如果发生在卵生鱼所孵化的稚鱼缸中，驱除就很困难了。
水蛭不太会攻击鱼类，但是大量繁殖的话，水质会恶性循环化，它在水缸内摇晃游水的阎记，实在令人作呕。若产生了这些东西，要换掉全部的水，一切器具都用或热水消毒，预防方法为仔细检查生饵。
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