褐藻多发生在初用的水箱里，而水中硝酸盐含量高时也有褐藻发生。此藻一般呈茶褐色的薄膜状附生于叶面或玻璃壁上，用手指轻轻一擦，立即脱落。发生的原因主要是光线不足，水草的光合作用也不佳，以及水中含氧量过低等因素，导致此藻为害。当水草生长旺盛，环境趋于稳定时，此藻也随之消尽。
（五）藻类防除
1.藻类的预防
我们种养水草的水箱，总避免不了要发生藻类。一旦藻类发生严重时，则影响水草的正常生长，同时也碍于水草的观赏效果。但只要我们掌握了水草的生长规律、水质以及其他环境因素，控制藻类发生是完全可以做得到的。
如果水箱内磷酸盐含量过高的话，这就有利于蓝藻、须状藻及刷状藻类的大量繁殖；还有硝酸盐含量过高，也是多种藻类的营养物。因此，要定期测试水箱内磷酸盐和硝酸盐的含量，以及定期换水，这样才能有效地预防藻类的发生。
2.利用生物防除
水箱内一旦发生了藻类，首先要想办法利用以藻为食的鱼类、螺类或虾类来消灭，这是防除藻类的有效途径。但是，不要放养一条鱼，因它们在原产地的自然环境中，这些鱼都是以群聚生活的。如果一种鱼类放养单条鱼，往往会失去其食藻的习性；若放养数条至数十条鱼，则会增强它们互相竞争抢食的特点，使之变得更活跃。
（1）食藻鱼 爱食藻类的鱼介绍几种如下。
泰国飞狐：这是一种能有效清除藻类的鱼，它主要吞食绿藻和硅藻。
胡子异型：它对吞食硅藻是最有效的理想鱼种。
鞭尾鱼：和胡子异型一样，是吞食硅藻和绿藻的鱼。
青苔鼠：也是吞食绿藻的好手。
黑玛丽：专门食藻类的嫩叶，特别偏食于毛藻，属于狼吞虎咽的大食客。
除此之外，还有小精灵、孔雀鱼、花间吸鳅和皇冠豹等都是食藻的理想鱼种。
（2）食藻软体动物 螺类主要是取食玻璃壁上的绿藻，但是，当它食完绿藻后，在无食源情况下，转而要取食水草了。因此，当它食完藻类后，及时将其转移掉。除螺类，还有石卷贝、逆卷贝、金苹果蜗牛、苹果蜗牛等，都是以藻类为食的软体动物。
（3）食藻虾类 食藻的虾有，红尾虾、黑壳虾、南沼虾和大和沼虾等。主要摄食绿藻和须状藻类。利用虾类除藻时，不宜放养过多。若大多了，则很快地将柔软的水草一扫而光。（梦娃娃）
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