（1）维持
根据封闭群遗传学要求，封闭群中不应产生小群体，也不应改变封闭群特有的杂合性，应保持其遗传基因的稳定及其异质性和多态性，小鼠保种时应尽可能多的保留繁殖个体。因此其维持和生产可采用以下几种避免近交的交配制度进行，以使近交系数的上升率不超过1%。
①随机配对交配：配种前将雌雄个体或组分别编号，同一父母的留种鼠或同一生产单元的留种鼠编为同一号，随机与不同号的留种鼠配对。此法适用于中等或大群体维持生产。
②分组交叉交配：将同一批种鼠，雌雄分别分组编号，配种时按组别交叉配种，可避免同窝雌雄近亲交配。如按饲养室或笼架，可将生产群分为1到n的n个组，每组留种鼠按组别编为相应的号，配种时用1号雄鼠配2号雌鼠，2号雄鼠配1号雌鼠，依此类推。此法用于大群体生产。
③循环交配：将留种同窝雌雄个体分别编号，如雌雄鼠都编为1号， 在配种时雄性编号不变，与相邻编号的雌鼠如2号交配，2号雄鼠与3号雌鼠交配，依此类推，n号雄鼠与1号雌鼠交配，如此形成一个环状循环。此法用于小群体生产。
（2）生产
常用的方法有一雄多雌同居交配法和雌雄1：1同居交配法。前法优点是孕鼠另居分娩，泌乳好，仔鼠健康。缺点是生产周期长，也可因打架而咬伤。后法优点是繁殖周期短，每月一胎。缺点是母鼠体质消耗很大，如营养跟不上，会影响动物质量。
在封闭群小鼠的生产中，不应与外来个体交配繁殖，而导致遗传污染。也不应使群体内的小鼠长期与大群隔离，而出现遗传分化。应尽力避免有意识地留种或选择小鼠进行繁殖包括对小鼠繁殖能力的选择，否则可导致小鼠固有遗传特征的改变。