宠物在给主人带来快乐的同时，如果不注意卫生，就有可能使人感染上疾病。狗有可能通过唾液传染狂犬病，经常接触还有可能传染上寄生虫和皮肤病。被猫抓伤或咬伤，会引起猫抓热；猫还携带有衣原体，如果伤及孕妇可能危害胎儿，造成先天畸形和智力缺陷。在鱼类体表皮肤上或养鱼的水里会有一些病原体存在，在给鱼喂食或换水时，如果皮肤上有破损，很容易被感染上疾病，做这些事时最好带上手套。鸟类通过拍打翅膀会把排泄物中的细菌散播在空气中，可能使人感染鹦鹉热等。
儿童喜欢拥抱或亲吻小动物，也最容易受伤害，常引起过敏症、水痘、红疹等。最好不要让婴幼儿或小孩单独与宠物相处，还要教导孩子不要与宠物过分亲热，不要在宠物吃食物或咆哮时碰触它，不要试图分开正在打架的动物，与宠物接触后一定要洗手。
应给宠物定期做健康检查、注射防疫针等预防传染病的发生，定期给猫狗等宠物消毒清洗，尽量不要让它们进入卧室，更不要与宠物共寝，要经常保持室内清洁，每天清扫房间特别是卧室。禁止宠物随地大小便，及时处理掉排泄物。养宠物的家庭应避免使用地毯，因为地毯不易清理和晾晒，藏污纳垢后易导致疾病。对于养宠物后患上过敏症的人应到医院检查过敏源，以便做好防护措施，严重过敏者，最好忍痛割爱。