水环境与陆地环境迥然不同。水环境具有流动性、温度变化平缓、光照强度弱、含氧量少等特点。水生植物在长期演化过程中，形成了许多与水环境相适应的形态结构，因而能够繁衍自己，并在整个植物类群中占据着一定的位置。
水环境的光照强度微弱，所以水生植物的叶片通常较薄，有的叶片细裂如丝或是呈线状；有的呈带状；有的叶子宽大呈透明状，叶绿体不仅分布在叶肉细胞中，还分布在表皮的细胞内，并且叶绿体能够随着原生质的流动而向迎光面，这样就可以有效地利用水中的微弱光照进行光合作用。
水环境中的含氧量不足空气中的1／20，为了适应缺氧环境，水生植物都具有发达的通气系统。莲藕叶片的气孔可通过空气中的氧，氧进入叶片，其氧浓度高于莲藕各个器官的氧浓度，氧则通过叶柄那四通八达的通气组织向地下扩散，以保证地下器官的正常呼吸和代谢的需要。这种通气系统属于开放型的。金鱼藻的通气系统则属于封闭型的，植物体内可贮存自身呼吸时释放的二氧化碳，以供光合作用的需要，同时又能将光合作用所释放的氧贮存起来，以满足呼吸时的需要。
水生植物体细胞间隙很大，巨大的空腔构成连贯的系统并充满空气，既可供应生命活动需要，又能调节浮力。
水生植物很容易得到水分，因此它们的输导组织的维管束都表现出不同程度的退化。根一般不发达，叶表面没有角质层加厚、蜡质或栓质。水分充足对水生植物是个有利条件，但水过多也会产生不良后果，所以水生植物都具有排水器，它既能把多余的水排出体外，又能源源不断地得到水体的无机营养物。
许多沉水植物体形的大小均随水的深度而变，例如狐尾藻在10厘米深的水中，它只有10厘米高，节间非常短，但在2米深的水中，其植株可高达2米以上。植物对水深度的适应性非常强 。
由于有丰富的水，所以水生植物的营养繁殖占重要地位。被折断的金鱼藻、水浮萍等都可以长成新株，芦苇和莲的根状茎也能产生新株，有的通过特殊的冬芽来繁殖。水生植物也可以进行有性繁殖。
许多水生植物的种子和果实是通过流动的水传播的。如芡实的果实里有较多的种子，每粒种子的外面包着两层发育良好并充满空气的假种皮。当果皮腐烂后，种子散出浮于水面，随水漂流，直到假种皮破坏，才失去浮力沉于水底，在泥中越冬，翌年发芽生长，在新的领域中发展。