为了能看到远处的东西，爬行动物的眼睛总是固定不动。如果想看到近处的东西，它们就会用眼睛周围的肌肉改变晶状体的形状。晶状体是眼睛中聚光的部位。蛇有特殊的肌肉，能迫使晶状体向前以进一步观看，同调节照相机的焦距一样。爬行动物能分辨颜色，包括一些鳄、蜥蜴和龟。 有些爬行动物长着第三只眼。在一些蜥蜴和斑点楔齿蜥的头中就藏着第三只眼，它能察觉出明暗但辨不出颜色。这种眼可能就像一种曝光表，帮助爬行动物判断在阳光下呆了多长时间。在地下洞穴中的盲蛇，眼睛被鳞覆盖，什么都看不见。 如果你曾经看到过蛇，就可能注意到蛇从来不闭眼睛。事实上，蛇的眼睛永久性地被一个透明鳞片覆盖保护着，这个鳞就是下眼睑。因此，在某种程度上，蛇眼总是闭着而不是睁着。 爬行动物不像哺乳动物那样有外耳，所以看上去就像没长耳朵。但是大多数爬行动物在表皮下有鼓膜。当声音在空气中，水中或地下传播时，鼓膜能觉察这种振动，这种振动会延着一根细小的骨头传入内耳，在此声音信息又被传送到大脑。 蛇没有鼓膜，但是在颌的铰合部和内耳之间有一个小骨头。由于没有鼓膜，蛇听不到空气中传播的声音，但能察觉地上传播的声音，这种声音会沿着小骨头传入内耳。
蛇皮肤中也有个特别的振动探测器，因此它们能感觉到危险或猎物的临近。
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