虽然巴西龟是最容易养，也最不挑剔的水族箱养殖动物，但是有一个缺点：它们排泄太快大多，加上温度高，剩余的饲料容易腐败，所以水总是发臭。才换过水两天，又变成一池浑汤，连巴西龟都几乎看不见了，这是因为单胞藻繁殖的缘故，水中养份充足、温度合宜，绿藻养繁殖极速。
若干实验试图以化学物质保持池水澄清，但效果并不理想。用CHlNOSOL(一公克对三十公升水)虽可使水维持一星期澄清、不发臭，但被龟搅动起来的碎屑和腐败的粪便即使水质更脏。巴西龟长期生活在这种水质中，是否有害大肠菌还没有定论，而这种有化学药物的水是否有伤及动物内脏器官也没有把握，所以最好还是不用化学药物。
最简单的办法是完全换水。喂食后四小时把旧有脏水放掉、抽掉、倒掉。然后以中等硬度的刷子和清水刷洗容器四壁和底面。清洗时先把巴西龟放到一个塑料盆里或池畔的陆地上–当然是跑不掉的地方。注入温度适宜的清水后再把龟放回水中。
有些种类的沼泽龟或水龟不太能适应完全换清水，但巴西龟不久便能习惯于这种作法和给它带来的干扰。完全换水仍有一个缺点二会诱使彩龟加速排尽肠中粪便，把刚换过的水又弄脏了，所以最好在换水后不久察看一下养殖箱(池)，把粪便清除。