光合细菌（PSB）是一种以光作能源并以二氧化碳或小分子有机物作碳源，以硫化氢等作供氢体，进行完全自养性或光能异养性生长但不产氧的一类微生物的总称，包括紫硫菌，紫色无硫菌，绿硫菌和绿色无硫菌。光合细菌是以水体中的氨态氮、硫化氢、单糖、醇类、有机酸、氨基酸等低分子有机物为营养，构成自身的物质进行生长、繁殖，从而达到净化水质的作用。
由于光合细菌属于厌氧菌，所以在缺氧的砂层中净化作用更加明显。在条件适宜的环境中，光合细菌菌体重量增加一倍的时间仅需半小时，因此利用光合细菌净化水质和底砂可以收到立竿见影的效果，目前市场上出售的光合细菌主要是紫色无硫菌，它包括荚膜红、沼泽红、球形红菌等。现在市场上又出现了绿色的光合细菌，主要为绿色无硫菌。将红色光合细菌与绿色光合细菌合并使用效果更佳。
光合细菌使用方法如下：
一、适时使用
使用光合细菌的适宜水温为15℃～40℃，最适水温为28℃～36℃，因而宜掌握在水温20℃以上时使用。注意阴雨天勿用。
二、与肥配用
在池塘施用粪肥或化肥时，配合施用光合细菌效果更为明显。尤其可避免化肥用量过大、水质难以把握的缺点，并可防止藻类老化造成水质变坏。
三、视水质使用
要根据水质肥瘦情况使用光合细菌。水肥时施用光合细菌可促进有机污染物的转化，避免有害物质积累，改善水体环境和培育天然饵料，保证水体溶氧；水瘦时首先施肥再使用光合细菌，这样有利于保持光合细菌在水体中的活力和繁殖优势，降低使用成本。此外，酸性水体不利于光合细菌的生长，应先施用生石灰，调节pH值后再使用光合细菌。
四、酌量使用
光合细菌用于鱼池水质净化时，水温20℃以上期间，每立方米水体用2～5克光合细菌拌粉碎的干肥泥均匀撒于鱼池，以后每隔20天每立方米水体用1～2克光合细菌兑水全池泼洒。用于虾池水质净化时，水温20℃以上期间，每立方米水体用5～10克光合细菌拌肥泥均匀撒于虾池，以后每隔20天每立方米水体用2～10克光合细菌兑水全池泼洒。用于饲料添加投喂鱼虾时，以饲料投喂量的1%拌入，直接或加工后投喂（不受温度或压力影响）。用于疾病防治时，可连续定期使用，鱼池每立方米水体用1～2毫升，虾池每立方米水体用5～10毫升，兑水全池泼洒。
五、避免与消毒杀菌剂混施
光合细菌制剂是活体细菌，药物对它有杀灭作用，不可与消毒杀菌剂同时使用。水体消毒后须经1周后方可使用，使光合细菌在水体中产生优势竞争性，抑制有害菌生长。
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