一、养护单胞藻净化水质的方法通过合理施肥，繁殖池内的单胞藻种类，使之维持合理的种群密度和旺盛的生长状态，是进行生态调控，保证水体正常的物质循环和能量流动的关键环节。按一般规律，绿色、黄绿色、较黄褐色的单胞藻容易护养。随着单胞藻的繁殖、生长，其颜色逐渐加深，在某些情况下，甚至由绿变褐。一般在低盐（盐度小于20）情况下，单胞藻种类较多，颜色为绿色。在较高盐度（盐度大于25）情况下，组成种类较少，易呈褐色。在养成早期，单胞藻大量死亡的主要原因是缺乏营养或二氧化碳，死亡后水面形成大量的、稳定的泡沫，池底废物积累，水色透明（也保持一定的水色）。养成中后期单胞藻大量
死亡主要是由于繁殖过密，水色过深缺乏光照引起。水质的突然变化，大雨过后或大量换水也会引起单胞藻突然死亡。合理施肥，适量换水，适时投入水环境保护剂，保持正常浮游生物密度，是避免其大量死亡的关键措施。施肥应注意少施，勤施，以调水为目的的施肥应以化肥为主，且注意肥料种类。当水池内单胞藻种群结构不合理时，还可采取换水后临池接种繁殖的办法繁殖单胞藻。
二、应用光合细菌净化水质光合细菌是一类能进行光合作用的原核生物的总称，它们的共同特点是体内具有叶绿素和胡萝卜素等光合色素，能在无氧和有光条件下进行光合作用，从太阳光中获得能量，但不产生氧气。目前，在水产养殖生产中红螺菌科的种类，它们兼有三种获能方式，既能在无氧、有光条件下由光和磷酸化取得能量，又能在有氧、无光条件下由氧化磷酸化取得能量，还有部分种类能在无氧、无光条件下以发酵或脱氮的方式取得能量。红硫菌和绿硫菌在硫化氢浓度很低时，也能利用硫化氢作为供氢体。总之，它们是利用小分子有机物作为共气体和供碳源，可以利用铵盐、氨基苯酸或氮气，有时也利用硝酸盐和尿素为氮源。因此，光合细菌投入虾池中，能迅速消除水体中的氨氮、硫化氢、有机酸等有机物质，平衡酸碱度，改善池水质量。光合细菌蛋白质含量高，并富含维生素B族、叶绿素及胡萝卜素等，还可以作为鱼虾类的饵料，还有改善鱼虾体色和增强机体抗病力的功能。
光合细菌在养殖生产中作为水环境保护剂使用，多采用拌沙法，即在养殖中后期按每公顷15～75kg的用量与沙搅拌，泼洒于池中。也可在污染严重的池底集中投放（每隔15天左右投放1次）。还可将菌液加入饲料中，作营养成分投喂，或与饲料搅拌后投喂。
投放光合细菌要注意：多菌种混合比单菌种投喂好；有机物腐败程度越高、污染越严重的池底投放效果越好；可与麦饭石、氟石等合用，效果更佳；不能与消毒剂合用，以免被杀死。
三、净水活菌的应用净水活菌是由多种化能异样菌组成，具有改善水质的功能，它们克服了光合细菌不能直接利用大分子有机物、不能分解生物尸体、残饵粪便等不足，兼有氧化、氨化、硝化、反硝化、解磷、硫化及固氮的作用。不仅能净化水质，又为单胞藻的繁殖提供了大量营养。上述细菌的大量繁殖，在池内形成优势菌落，可抑制病原微生物的滋生，减少虾病，有利于提高产品的品质。
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