下痢的原因有很多种，饲料突然变的不一样、天气忽然变冷、就连饲养环境的改变也有可能会造成下痢，如果是这种单纯的下痢的话，大多数在家中静养休息就可以治愈。
但是下痢的病情当中有很多是属于危险性的下痢，如果延误治疗的话很可能会造成鼠鼠的病危，所以绝对不可以轻视鼠鼠拉肚子这件事，不要还观察个病情两三天，应该在一开始发现的时候就要快点带它们去给医生看。
下痢大约可以分成下列四种：
细菌性肠炎
原因与症状：因为吃了腐败的食物、不卫生的环境、或是压力过大的原因造成体力变差，然后细菌的感染影响到肠子的吸收所造成的下痢。
治疗方法：初期可以用口服的方式利用抗生素或是止泻药来治疗，但是如果没有改善反而病情更恶化有脱水的现象的话就要添加补充一些营养剂。另外如果直肠从肛门脱出的情形发生的话就需要内科或开刀治疗。
真菌性肠炎
原因与症状：真菌也就是霉菌。大多数的情况是酵母菌的一种，与细菌性肠炎感染的途径有些类似，大多数感染的鼠鼠会有体力会变差情况发生，透过显微镜的检查可以发现真菌的存在。
治疗方法：可以透过口服的方式同时服用止泻药和抗真菌剂。
寄生虫性肠炎
原因与症状：所谓的寄生虫性肠炎是因为肠内鞭毛处有存在一些属于原虫类的寄生虫所引发的，像是毛滴虫。感染的症状大多是软便和水便，严重的话也会有脱水的情况发生。
治疗方法：可同时口服止泻药和驱寄生虫药，另外拉肚子鼠鼠的便便一定要立刻清理掉并且将笼子加以消毒。
湿尾症
原因与症状：很抱歉我查不道这个疾病的正式中文名称，在日本被称为湿尾症，正式名称是传染性回肠过形成炎。因为尾巴会有湿湿的样子所以被称为湿尾症，目前临床诊断十分的困难，因为细菌性肠炎、寄生虫性肠炎以及真菌性肠炎都会有这种湿尾的情形发生，尤其是出生后3～5周的幼鼠特别常见这种湿尾症。
治疗方法：尽可能早期发现早期治疗，因为死亡率很高。另有网友提供下面的偏方，但疗效如何就不得而知。原则上左手香有退烧的作用，但TC也就是四环素本身长期使用对鼠鼠会有严重的肝肾毒性（尤其是肾毒性）在剂量上若为饮水添加则为3MG/ML给予一周，剂量若不足也易产生抗药性症状。