深部真菌病是指侵害皮肤、粘膜和内脏的真菌所引起的感染。病原菌的种类有很多种。这些病原菌广泛存在于土壤、动物粪便、乳汁中，犬主要通过接触污染的土壤或经呼吸道、消化道而感染，只有少数真菌具有接触传染性。深部真菌病可发生于体内各脏器，其病变特征是：肉芽肿性炎症、坏死、脓肿、溃疡、瘘管、结缔组织增生和形成结节。饲料中广泛添加抗菌药物，可能是犬发生深部真菌病的重要原因。犬易发生的几种主要深部真菌病是：
【组织胞浆茵病】
其病原为荚膜组织胞浆菌。生长在土壤中，主要经呼吸道感染。病犬主要呈现持久、不易治愈的顽固性咳嗽和腹泻，无痰液排出。病犬厌食、消瘦、不规则发热、呕吐、皮炎，腹壁触诊常可发现肿大的肠系膜淋巴结。慢性病例有时可见颊粘膜发生溃疡，扁桃体肿大。
临床上发现犬呈现难以治愈的咳嗽或腹泻时，即应考虑本病。如有条件应以荚膜组织胞浆菌素做皮内试验，还可做胸部X线透视、血清补体结合试验、琼脂扩散试验等进行诊断。
两性霉素B对本病有很好的疗效，总用量为4毫克/千克体重，分为10次，每隔两日注射1次，临用前先以注射用水溶解，再用葡萄糖盐水稀释成0.1%（毫克）后静脉注射。总量不能超过5毫克/千克体重，否则可损害肾脏。克霉唑（抗真菌1号）对本病也有良好的疗效，剂量为0.75～1.5克，分两次内服。
【球孢子茵病】
其病原为皮炎芽生菌。本病可分为全身型和皮肤型两种。全身型主要表现为肺脏的疾病，病犬精神沉郁、发热、厌食、消瘦及咳嗽。剖检病死犬时，肺脏各叶都有结节和脓肿，肺脏呈现灰白色或淡红色斑纹状，并有局灶性或弥漫性硬变。肉芽肿结节的中心发生坏死，但不钙化。病变向周围蔓延时，可使支气管和纵隔淋巴结肿大、化脓，甚至引起胸膜炎。皮肤型芽生菌病表现为单发性或多发性皮肤肉芽肿，最后则在中心液化坏死和发生溃疡。胸部X线照片所见到的肺部末钙化结节或硬变，有助于该病的诊断。最好对皮肤结节做活组织检查。从脓汁、痰液中镜检时，发现有单个的或出芽的球形细胞且细胞壁厚而有折光性（双层轮廓）时，即可确诊。本病一旦扩散，难以治愈。早期可用两性霉素B治疗。对皮肤结节可施行手术摘除。
【隐球菌病】
其病原为新形隐球菌。它存在于泥土中，可从土壤、马粪、水果和乳汁中分离到。犬的隐球菌病主要侵害脑、脑膜、鼻旁窦以及肺、脾、肌肉、关节、皮肤等部位，引起病犬的运动失调，转圈运动，行为异常，跛行，感觉过敏和鼻漏。剖检时，于鼻旁窦、鼻甲骨、鼻腔以及脑有小的化脓灶，脑膜有粘液脓性炎症。耳、眼睑和脚等部位可见皮下肉芽肿。在临床上发现病犬有不明原因的呼吸道和中枢神经系统的症状时，应考虑到隐球菌病的可能性。如能迸一多做病原检查、血清学试验及病理组织学检查，均有助于本病的确诊。治疗方法同组织胞浆菌病。
【孢子丝菌病】
病原为申克氏孢子丝菌。经创伤感染。病变主要侵犯皮肤，常发生于肢端，并沿淋巴管蔓延，形成典型的带状肿。原发部位为坚实、无弹性、可移动、无压痛的结节或肉芽肿，结节部被毛脱落后，可看到附有渗出物，干涸后形成结痂，有的结节可形成脓肿，破溃后形成溃疡。根据上述症状可怀疑为本病。为了确诊，可从未破溃的脓肿内采取病料，进行分离培养，若分离到病原菌，即可确诊。碘化物对本病有特效。可用碘化钾内服，日量4.4毫克/千克体重。也可静脉注射碘化钠。口服灰黄霉素，剂量为20毫克/千克体重·日，连用2～3周。皮肤溃疡处可用0.2%碘溶液加2%碘化钾）温敷。局部涂敷5～10%碘化钾软膏常可收到良好的疗效。
【念珠菌病（鹅口疮）】
其病原为白色念珠菌。常存在于健康动物的消化道内。幼龄和体质衰弱，特别是长期饲喂抗菌添加剂或长期使用抗生素治疗的动物，都易感染发病。病犬的临床特征是在口腔和食道粘膜上形成一个大的或数个小的隆起的软斑，软斑表面覆盖有黄白色伪膜，剥离后露出容易出血的充血面。对有上述症状的病犬，从粘膜和皮肤病变处刮取标本镜检，如发现酵母细胞和缠结的菌丝体，即可确诊。早期发现、早期治疗对提高疗效具有重要意义，其治疗方法可参照组织胞浆菌病。为了预防本病，最重要的是除去各种诱因，长期使用抗菌添加剂的应停止饲喂。抗菌剂使用时间过长的也应停止使用，以避免念珠菌的生长。也可不定期口服制霉菌素，剂量为60万～100万单位/日，连续服用5～7天。
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