没长期亲自接触卡箱的人，要能分辨东部箱龟与三趾箱龟并不简单，在我买卖的过程中，曾多次接洽所谓卖东部箱龟的卖主，而往往看到时才发现是很漂亮的三趾箱龟，并非东部箱龟；也曾询问过周遭玩爬虫的龟友，他们往往只能认定“漂亮或艳丽=东部箱龟”，而事实上并非如此。
三趾箱龟顾名思义，后爪为三爪，但亦有四爪，甚至有一边三爪另一边四爪；而最不容易分辨则是三趾箱龟的壳花纹，可从两方面来说，一是底色二则是放射性花纹。底色由浅褐色到深咖啡色都有，而放射性花纹亦是浅褐色到深咖啡色，当这两部分颜色很相近时，会让人误以为没有花纹的壳，而这两部分颜色对比强烈时，才能看出有明显放射性条文(一般较漂亮)。
至于头的肉色，有可能单一色系例如红色或橘色，甚至有红黄橘白等颜色混杂。至于头型，具我观察东部箱龟的头似乎比三趾箱龟大些(以同等大小来说)，而成熟公东部箱龟的头型比公三趾箱龟要来的方扁些。至于体型方面，东部箱龟一般比三趾箱龟要来的大，整个壳型也是有差别，但那要亲眼比对才容易看出。
以下以几张图片说明：
底色跟放射性花纹相当接近时的三趾箱龟，脸部单一褐色。
底色稍深，亦可看到小局部放射性花纹，脸部单一深橘色。
底色更深，放射性花纹更为明显，脸部单一深红色。
底色深咖啡，浅褐色的放射性花纹，脸部极多样的色彩。
浅褐色底，小局部深色放射性花纹，脸部极多样的色彩。