消毒是为了消灭被传染源散布在外界环境中的病原微生物，切断传播途径，保证观赏鸟的健康。搞好消毒无论对于大规模的养鸟场还是家庭养鸟者都是十分重要的。常用的消毒方法有机械消毒法、物理消毒法、化学消毒法、生物热消毒等。养鸟者要结合自己养鸟的规模和实际情况建立起一套完整的消毒制度，以预防各种疾病的发生。
机械消毒是用机械的方法，如清扫、洗刷、通风等方法清除环境中病原体。虽然不能杀死病原体，但可使之大量减少，使消毒药的药效得到提高。机械消毒是鸟舍或鸟笼最常用的、最简单的消毒方法。养鸟者必须经常清扫和清洗鸟舍、鸟笼以及各种用具，保持清洁卫生。
物理消毒包括干燥、太阳光照射、紫外线照射、煮沸、高压蒸气熏蒸等方法。如笼衣等可用煮沸法及高压蒸气法消毒。也可采用紫外线照射，在强烈的阳光下曝晒杀死有些病原微生物。
生物热消毒适用于大型养鸟场，这种方法用于鸟粪等物的无害化处理，利用粪便中微生物发酵产热，使温度达到70℃左右，杀死病原体，达到消毒的目的。
化学消毒是利用化学消毒药杀灭各种鸟传染病的病原体和寄生虫的方法，用作消毒的这些化学药物称为化学消毒剂。化学消毒剂种类很多，在选择化学消毒剂时，要考虑到选择那些对病原体消毒力强，对观赏鸟及人毒性小，易溶于水，不易失效，价格低廉，使用方便的消毒剂。
常用的消毒方法有:（1）环境消毒每年春秋用2%～9%氢氧化钠溶液或漂白粉等对鸟场、鸟舍周围的污水池和垃圾站等处进行消毒，并搞好环境卫生，定期进行灭鼠、杀虫。（2）鸟舍及笼具的消毒每1～2个月用0.2%～0.5%的过氧乙酸等溶液对鸟舍及笼具、食罐、水罐、栖杠及巢箱等进行1次定期消毒。
常用的化学消毒剂有:（1）漂白粉:为白色粉末。常用于鸟舍、笼具及环境的卫生消毒。对细菌、芽孢和病毒均有杀灭作用。可作各种传染病消毒用，浓度为10%～20%。（2）过氧乙酸:为一种强氧化剂。对细菌、病毒、霉菌和芽孢均有作用，其杀灭作用强大和迅速，可用于鸟舍、鸟笼、地面、墙壁、饲养用具等的消毒。可配成0.2%～0；5%的溶液喷洒，也可以每立方米空间用5～15毫升过氧乙酸，稀释成5%的溶液，加热熏蒸1～2小时。（3）苯酚（石炭酸）:为白色或微红色结晶。用1%的浓度能杀死一般细菌，但对芽孢和病毒均无效。可用3%～5%的浓度对鸟舍、鸟笼、地面及各种用具消毒。本品有较强的腐蚀性和刺激性。每次消毒后，要对消毒过的饮水器和用具用水清洗，以免发生中毒。（4）来苏儿（煤酚皂溶液）:为红褐色透明油质液体。杀菌力强，但对芽孢无效。用、%～3%溶液可用于治疗疥癣、虱等。用3%～5%的溶液对鸟舍、鸟笼及各种用具消毒。（5）甲醛（福尔马林）:为无色带有刺激性和挥发性液体。具有较强的消毒作用，能杀死细菌、霉菌、芽孢和病毒。用2%～5%浓度作为鸟舍、鸟笼喷洒消毒。用甲醛溶液熏蒸消毒时，每立方米空间用甲醛25毫升、清水12.5毫升、高锰酸钾12.5克。方法是先将高锰酸钾和水倒入瓷盆内，再倒入甲醛，密闭24小时。（6）高锰酸钾:为黑紫色结晶，溶于水，可用0.1%作为饮水器具、餐具及青菜的消毒。饲喂前应清洗后再用。（7）新洁尔灭（溴化苄烷铵）:为淡黄色胶状液体，溶于水，毒性低，无刺激性，杀灭细菌病原体的效力强，作用迅速。但对病毒、霉菌、结核杆菌和细菌芽孢的杀灭作用差。配成0.1%～0.2%的溶液，可用于皮肤、粘膜、创伤和手术器械的消毒。（8）酒精（乙醇）:常用的酒精浓度为75%。该浓度的酒精杀菌力强，但对病毒和芽孢没有杀灭作用。常用于皮肤、器械的消毒。（9）碘酊（碘酒）:能杀死细菌、真菌和病毒。5%的碘酊在10分钟内可杀死芽孢，10%的碘酊在10分钟内可杀死一般真菌。可用3%或5%碘酊涂擦鸟的患部及外伤。
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