虹鳟鱼疾病常见的有营养性疾病、体外寄生虫病、水霉病、细菌性烂鳍病、烂腮病、肠炎等，其中以营养性疾病最为常见，其次是小瓜虫病和三代虫病。
当鱼健康状况不佳时，鱼会离开群体，游到排水处或在池壁、池底缓慢游动。不健康的病鱼体色发暗或变黑，摄食迟钝，食量减少，游泳方式异常或者出现腹部膨胀、腮盖外张、鱼体表面局部浮肿，出现白点和白云状粘液。鱼鳍糜烂，基部充血。肛门扩张、充血或有粪便粘着等现象。通过解剖可以看到鱼体内部器官也出现了异常症状。肾脏、肝脏变色，形状变异，胃肠充满粘液等。
虹鳟鱼病的防治应采取综合防治措施，寓防病于管理之中，主要措施有：
1、选用体质健壮，抗病能力强的优良鱼种。
2、提高池水溶氧量，保持水体清洁卫生。
3、投喂新鲜、适口的全价配合颗粒饲料。
4、坚持鱼体入池消毒，发病季节还要进行水体消毒，消灭病源，适时投喂药饵进行预防。
5、细心观察，发现病情及时诊治，并把病鱼单独饲养。营养性疾病要从改善饲料入手，投喂适口、营养全面的饲料。
6、在饲料中添加一定数量的代黄粉等中药，可有效预防寄生虫和细菌性疾病。
7、在夏季，要适时增氧，增加水体溶氧量，防止鱼种浮头。
只要我们掌握了虹鳟鱼的生活规律，并能严格按照科学的养殖方法进行管理，虹鳟鱼养殖业必将会带来良好的经济效益。