养殖虹鳟常见的疾病有寄生虫病、营养不良病、水霉病、细菌病。其中以营养不良病较为常见，危害最严重，寄生虫病也是易发的疾病。几种主要疾病的情况和防治方法如下：
一、小瓜虫病（白点病）
易发生在仔鱼期，病鱼体表明显出现许多小白点，鳃上分泌大量粘液，病鱼呈现不安状态，常侧身在池壁摩擦身体，食欲减退。治疗时用1/4000的甲醛溶液浸洗1小时，或在5%～10%的盐水中浸洗1小时。
二、三代虫病
三代虫寄生于鱼的体侧、背鳍、臀鳍、尾鳍或鳃等部位。病鱼动态和上述小瓜虫病相同。另外，病鱼鳃肿大，鳃丝暗黑色，体色黑瘦，不摄食，离群缓游，渐趋死亡。此病主要危害稚鱼和当年鱼，在成鱼上也有寄生。防治此病可用1/2000～1/4000的甲醛液浸洗病鱼0.5小时～1小时，或用2%浓度的盐水浸洗2小时。
三、肝脂肪变性病
此病是人工养殖虹鳟由于投喂的饲料营养含量不全、长期缺乏必需氨基酸或维生素等造成的。不新鲜的、生霉的或氧化变质的饲料，以及饲料中碳水化合物、脂肪、磷等过多均可引发此病的发生。病鱼体色发黑，鳃颜色变淡，体质衰弱，离群，不活泼，独自漂在缓流处。肝脏肿大，呈黄色、黄白色或黄褐色，胆囊肿大呈黄色。胃肠充满黄色粘液，无食物，肠末端溃疡充血。防治办法：发现病鱼立即换喂优质饵料，减少投喂量，在饲料中增加维生素的含量。病情较轻的鱼经过2个月～3个月可完全恢复，病重者则无法挽救。如果投喂全价合成颗粒饲料，可减少此病发生。
四、肤霉病
又称水霉病，发生在孵化期死卵或损伤的卵上，并能侵害临近的好卵，在受伤的鱼体处也易着生。发病初期出现小斑点，然后逐渐扩大成绒毛状，使患处肌肉溃烂坏死。水霉繁殖适温在4℃～14℃。预防办法：孵化期注意拣除死卵，拉网时注意不要擦伤鱼体。
五、细菌病
细菌性疾病有多种，如细菌性鳃病，多于春季发生在体重3克以下的稚鱼上；烂鳍病，水温15℃以上时发生，水温低于15℃时病菌自行死亡。这两种病鱼，均可用1／2000浓度的硫酸铜溶液浸洗30秒，或用1×10-6浓度的呋喃剂浸洗1小时，也可投喂混合磺胺类药物的饲料治疗。
六、弧菌病
多在晚春或秋季水温15℃以上时发病。病鱼眼球突出、白浊、糜烂，鳍基部、体表、肛门、口腔等处出血。病重鱼肌肉坏死，肠管充血、发炎，肾脾肿大。防治办法：用磺胺类药物混拌于饲料中，投喂1周，然后清刷池子，并用漂白粉或生石灰消毒，也可用1／50万浓度的盐水浸洗20分钟。