与自然环境相比，水族箱里鱼的密度是相当大的，鱼的排泄物、食物残渣比较多，这些会腐烂释放氨，对鱼十分有害。废物越多，产生氨的就越多，水质变得越快。这就需要用过滤来滤掉废物，控制这些有害的氨。当然定期适量换水也不失为一种较好的途径。
1、物理过滤。物理过滤就是用过滤器材滤掉水族箱中的固体颗粒即我们不需要的、有碍观瞻的、能够腐败的那些废物，从而减少氨的产生，使水清澈透明，适于鱼的生长。物理过滤的滤材是具有较密孔隙的丝棉、羊毛毡、砂石等，最常见的是丝棉，也就是水族店老板说的过滤棉、玻璃棉。当然物理过滤本身并不能滤掉溶化在水中的氨。一般也不能滤掉水中的细菌和藻类。活性炭也是一种常用的过滤材料，具有吸附金属离子、脱色、除臭的功能，但使用一段时间后便失去了作用，需定期置换。
2、化学过滤。用化学反应来消除水中的有害物质。这些物质有的以离子状态存在，有的以化合物的形态存在。通过化学反应可以使其变为无害物质或生成沉淀，或应用其极性将小颗粒凝结成大颗粒，然后再被物理性滤材去滤掉。常用的有净水剂、水质稳定剂等。
3、生物过滤。这可是近几年时兴的过滤方式。在自然界中，即便是一潭死水也往往有鱼儿健康地生长。可没见有人给它过滤呀！原来大自然里生活着一些可以将氨逐步地转换成比较无害的物质的细菌。首先，亚硝化细菌将氨分解成亚硝酸盐，然后，硝化细菌将亚硝酸盐分解成毒害较小的硝酸盐，有些硝酸盐会分解为氮气从水中挥发出来。这些细菌是有益无害的因此我们称其为有益菌。这与酸奶中的有益菌对人体消化系统的作用是相同的。有益菌是可以自己生长的，当然也可以购买商品有益菌添加。常见的商品有益菌有硝化细菌、光合细菌。最近科技界又开发出“EM”生物制品，是一种强大的有益菌群，可以用于水产、农业、保健等许多方面，在水族箱中使用效果很好。
常见的过滤器大概可分为以下几种：
1、顶部过滤器。将过滤装置置于水族箱顶部，用一水泵抽到过滤器中，过滤器为一长形盒，内置丝棉、生化棉、过滤砂、活性炭等滤材，过滤后水从盒底流入水族箱中。这是最传统的过滤器。设置容易，价格低廉，清洗方便，但不利有益菌生长。
2、沉水过滤器。过滤装置沉入水中，滤材浸泡在水中，较利于有益菌的生长，噪声较小。物理过滤效果较差，比较适用于中小型水族箱。
3、底部过滤器。把过滤板置于水族箱底部，上面覆盖上底砂。由于含氧水流穿过底砂，底砂上有较多有益菌繁衍，生物净化效果较明显。安装较复杂。
4、外置式过滤器。外置式过滤器分外部吊挂式过滤器和下部过滤器等多种形式。外挂式过滤器是将过滤装置吊挂于侧面或上方。以潜水泵将水抽进滤槽内，经由滤材滤净后再流入水族箱中。优点是清洗容易，使用方便，但较不易生长硝化细菌。下部过滤器 一般用于高档商品水族箱，安装在水族箱下部的橱中，用管道与上部的水族箱连接，放多种较好的过滤材料，效果较好。
5、滴流式过滤器。水族箱的水由上、中、下三个部位分别进入溢流管流到过滤水槽中，水槽中放置多种滤材，多种方式相结合，过滤效果好。多用于海水水族箱。
6、蛋白质分离器。利用液体表面张力的吸附力来去除水中杂质及有机蛋白质。多用于海水水族箱。
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